มูลนิธิโยนกก่อตั้งขึ้นโดย ดร.นิรันดร์ จิวะสันติการ ผู้ก่อตั้งมหาวิทยาลัยโยนก ในปี 2531 และได้รับเกียรติจาก ดร.ศุภชัย พานิชภักดิ์ อดีตผู้อำนวยการองค์การการค้าโลก (WTO)และปัจจุบันดำรงตำแหน่งเลขาธิการสำนักงานการค้าและพัฒนาองค์กรสหประชา ชาติอังค์ถัด (UNCTAD) ดำรงตำแหน่งประธานกรรมการมูลนิธิโยนก

พันธกิจหลักของมูลนิธิโยนก คือ การก่อตั้งและสนับสนุนพันธกิจของมหาวิทยาลัยโยนก ตลอดจนการสนับสนุนและให้ความช่วยเหลือด้านการศึกษาและสาธารณะประโยชน์อื่น โดยทำงานร่วมกับสถาบันการศึกษา หน่วยงานทั้งภาครัฐและเอกชน และยังทำงานร่วมกับสถาบันการศึกษาชั้นนำในประเทศและประเทศสหรัฐอเมริกา อาทิ Baylor University, Babson College, Stanford University, , Mercer University, University of Washington, John Hopkins เป็นต้น